真菌性角膜溃疡治疗以抗真菌药物为主，常用0．25％二性霉素B、那他霉素及10％大扶康、1％眯康唑、1％克霉哩等眼药水，并全身应用抗真菌药，如斯皮仁诺胶囊等。皮质类固醇无论全身或局部单独使用均属禁忌。穿透性角膜移植术是近年比较肯定的手术治疗方法，其适应症主要是药物治疗无效，或角膜溃疡穿孔，发生眼内容物脱出或继发青光眼等严重并发症，是为挽救眼球而采取的一种抢救性手术。由于真菌菌丝可垂直生长，加上真菌毒素、蛋白分解酶及可溶真菌的抗原作用，真菌菌丝可向深部生长，甚至侵入眼内，手术难以清除干净眼内的真菌，故术后常出现复发。因此对无手术适应症者，强调先行抗真菌药物治疗。