许多先天疾病能使小孩得青光眼。这些先天疾病有的遗传，有的不遗传，但都会在出生时或不久后就表现出来。尽管眼睛的其他部分最初包括在这些病中，但它们最终会引起青光眼，因为它们会损伤眼睛的引流子流。
        这些情况比原发性婴幼儿型青光眼少得多。由于常常有眼睛某些部分的发育不全，所以难治。如果出现青光眼，则其治疗方案和原发性婴幼儿型青光眼相同。

家族性虹膜发育不全

       这种病可遗传，以眼睛虹膜结构发育不全为特征发育不全的虹膜阻住小梁网状结构，发生青光眼。尽管出生时就存在缺陷，但青光眼可在出生时或以后任何时候甚至成年后发生。但是显然患这种病的人没有人能长期逃脱青光眼。这样的青光眼患儿手术效果好。如果成年后才发病，激光或手术治疗可控制眼压。

无虹膜症

        无虹膜症意味着虹膜缺失。这种情况很罕见，胎儿第二十周时双眼发育受到影响，虹膜只留下一小段残根。残根前移，粘在房角壁上。妨碍小梁网状结构，出现青光眼。角膜也可能受影响。如果它变混浊，还会发生白内障，大多数患者视力可到20/200 ，法律上认为属于失明，但仍有少数人视力可正常。有一类无虹膜症被认为是由于11号和13号染色体部分缺失而遗传的，这种情况与智力发育迟缓有关。
        无虹膜症引起的青光眼难以治疗，因为如果治疗无虹膜症引起的青光眼难以治疗，因为如果治疗不能控制住眼压，再进一步采取手术治疗会很危险。无虹膜的眼睛极脆弱，手术会造成更多的外伤。同样，白内障摘除术和角膜移植也很危险。
        患这种病的人通常会完全失明，但这种病很少见，10万至100万儿童中才有1个因此失明。