圆锥角膜的主要临床特点即角膜中央或周边不规则的变薄。眼部症状和角膜的变化迹象取决于疾病的严重程度：
 

1.潜伏期（临床前期）患者与一般近视散光患者没有差异，地形图可无异常或疑似圆锥，多因为对侧眼为确诊的圆锥角膜而发现；
 

2.初期患者与一般近视散光患者没有差异，仅能靠角膜地形图识别发现，所以极容易误诊和漏诊。
 

3.进展期（此期为重要，直接影响治疗方案的制定和疾病结果，近年来的诊断和治疗技术的进步都集中在此期，但此期在一般书籍的分期中没有述及，原因是传统分期尚没有跟上技术的不断发展）患者不规则散光明显，角膜前凸，视力逐渐下降，且戴镜矫正效果不佳；
 

4.终末期，患者角膜前弹力层破坏，渐层基质瘢痕形成，视力差，戴镜无法矫正，病变局部角膜后弹力层破裂可角膜水肿和进一步前凸，并有角膜破裂风险，如无破裂水肿逐渐消退形成瘢痕。圆锥角膜四个体征，即Munson征、Fleischer环、Vogt线、急性水肿，曾是以往诊断该病的重要依据，如今角膜地形图可在早期明确诊断，所以该四个体征对早期诊断和早期治疗并无意义。