真菌性角膜溃疡系真菌直接侵入角膜感染所致。在感染角膜的溃疡面上刮取坏死组织进行涂片检查，常可找到真菌菌丝。将坏死组织接种于真菌培养基上，可有真菌生长。对人类角膜有致病的真菌达数十种。针对于真菌性角膜溃疡怎么治疗呢?
 
真菌性角膜溃疡治疗以抗真菌药物为主，常用0.25%二性霉素B(该药球结膜下注射易致结膜坏死，临床上要特别注意)、金褐霉素眼膏、制霉菌素眼膏及10%大扶康、1%咪康唑、1%克霉唑等，每日3～4次点眼，并全身应用抗真菌药。皮质类固醇无论全身或局部单独使用均属禁忌。由于本病多引起虹膜炎，须经常注意散大瞳孔。
 
穿透性角膜移植术是近年比较肯定的手术治疗方法，其适应症主要是药物治疗无效，或角膜溃疡穿孔，发生眼内容物脱出或继发青光眼等严重并发症，是为挽救眼球而采取的一种抢救性手术。由于真菌菌丝可垂直生长，加上真菌毒素、蛋白分解酶及可溶真菌的抗原作用，真菌菌丝可向深部生长，甚至侵入眼内，手术难以清除干净眼内的真菌，故术后常出现复发。因此对无手术适应症者，强调先行抗真菌药物治疗。
 
中医认为真菌性角膜溃疡多因湿热所致，治疗时要分辨湿热的偏重，选用清热祛湿药，常用的方剂有除湿汤、甘露饮等。此外，还可采用中药熏洗或雾化治疗。
 
真菌性角膜溃疡必须积极治疗。溃疡阶段，真菌高度生长繁殖，应首选对真菌敏感的药物。由于真菌常潜伏于角膜组织内，十分顽固，要求药物与溃疡面保持连续性的接触，使药物在深部组织达到足够浓度，才能消灭或抑制真菌的活动。到目前为止，用来治疗真菌性角膜溃疡的药物尚不够理想。对于药物治疗无效的病例，尚须进行手术。